River Plate

Beliau merupakan produk daripada akademi Club Atlético River Plate dan melakukan penampilan sulung untuk skuad senior ketika berusia 16 tahun pada musim 2006-07. Beliau seterusnya melakukan empat kemunculan pada musim tersebut..[2] Beliau ialah sebahagian daripada pasukan River Plate yang menjuarai Clausura pada tahun berikutnya tetapi beliau tidak tampil dalam sebarang perlawanan.

Villarreal

Pada Ogos 2009, Musacchio melakukan perpindahan ke kelab Sepanyol, Villarreal CF. Seterusnya, beliau diserap ke dalam pasukan-B di divisyen kedua. Beliau melakukan penampilan sulungnya pada 5 September menentang Córdoba CF yang berkesudahan Villarreal tewas 1-3. Pada musim pertamanya di Sepanyol, pasukannya menduduki tangga ketujuh liga.

Pada 13 Februari 2010, selepas beliau berhenti menjadi pemain bukan-EU, Musacchio melakukan penampilan sulungnya di La Liga dengan beraksi selama 15 minit terakhir ketika menentang Athletic Bilbao yang berkesudahan skor 2-1 berpihak kepada Villarreal. Sejak itu, beliau dimasukkan ke dalam skuad senior Villarreal dan mengatasi pemain-pemain berpengalaman seperti Iván Marcano dan Gonzalo Javier Rodríguez bagi merebut posisi bek tengah.

Sepanjang tempohnya di Estadio El Madrigal, Musacchio bergelut dengan beberapa masalah kecederaan.

Milan

Pada 30 Mei 2017, lapan hari selepas beliau berjaya lulus ujian perubatan,[3] Musacchio berpindah ke kelab Itali, A.C. Milan dan menandatangani kontrak empat tahun.[4]